Fırat Üniversitesinde Bilgisayar mühendisliği bölümü 1995 yılında kurulmuş yeni bir bölüm olup, aynı yıl yüksek lisans eğitimine başlamıştır. 1997/1998 eğitim-öğretim yılında da lisans programı başlamıştır. Bölüm hızla gerekli laboratuarlarını kurup geliştirerek öğrencilerinin kendilerini geliştirebilecekleri her türlü donanım ve yazılım altyapısını oluşturmaktadır. Bölüm ilk mezunlarını 2001 bahar döneminde vermiş olup, bölümde halen birinci, ikinci, üçüncü ve dördüncü sınıflar olmak üzere toplam 116 öğrenci gündüz eğitimi şeklinde, eğitim ve öğretimine devam etmektedir.
     Bilgisayar Mühendisliği programı yazılım ve donanım veya ikisinin birleşimi olarak gerçekleştirilmiş algoritmik süreçlerin, teknolojik, ekonomik ve sosyal alanlardaki problemlerin çözümüne uygulanmasını kapsar. Bu disiplinde bölümümüzde dört ana gruptan oluşan dengeli bir eğitim verilir: teori, soyutlama, tasarım ve uygulama. Teori, bilgisayar bilimlerinin matematiksel ve bilimsel prensiplerini verirken, soyutlama algoritmik süreçlerin, bilgisayar mimarilerinin, bilimsel hesaplama ağırlıklı problemlerin yada bilgi sistemlerinin modellenmesi konularını içerir. Tasarım ve uygulama ise uygun teoriyle birlikte yazılım ve donanım araçlarını kullanarak her düzeyde yazılım ve donanım projeleri geliştirme yetisi sağlar.